Ubuntuを14.04.1LTSにアップグレードしたらいろいろ起こったのでメモしておきます．（さくらのVPS，アップグレードは sudo do-release-upgradeで実施）
その１．立ち上がらない
深く考えずにアップグレードなんてやるとこういうことになりますね．どうやらGRUBが壊れていた／しまったらしく，再起動→memtest起動（ブート可能なOSがない）→再起動を繰り返していました．いろいろ探したところ，下記の記事に辿り着き，
さくらVPSでUbuntu 10.10から11.04にdo-release-upgradeしたらgrubプロンプトへと叩き落とされた場合の対処
記事に書いてあるとおりになぞったところ，無事に復帰しました．大変助かりました．
その２．ウェブサイトが見えない
正確には，Apacheは立ち上がっているものの，設定が全て飛んでDirectory Listingsが見えている状態（！）になってしまっていました．同時にApacheが2.4系にアップデートされたためです．2.4系ではconfファイルの置き方やファイル名が変更されており，基本的に全ての設定ファイルが（sites-availableの中にあるサイト用のファイルも）*.confという形式で，かつ，a2enconfをして有効化するという方式に変わっていました．a2enmodなどと同じ形式になったわけですね．conf.dのディレクトリも参照されなくなったので，そこに入っていたファイルを*.confの形にリネームして，conf-available/に置き，a2enconfをかける．sites-availableの中の設定ファイルも同じ作業をして，無事にウェブサイトは復帰しました．
その３．Passengerが動かない
Apacheのバージョンが変わってしまったので，Redmineのために入れているPassengerもバージョン不整合を起こしました．一旦，Passengerを削除して入れ直しましたが，executable fileが見つからないとのエラーで怒られます．
に書いてあるとおり，Passengerもパスが変わっていたので，これも直して無事に起動．
結構な時間を使ってしまった・・・